我國的清潔生產審核程序主要包括7個階段、35個步驟：
（1）籌劃和組織 
       通過宣傳教育使企業領導和員工對清潔生產有一個初步的、正確的認識，消除思想上和觀念上的障礙；了解企業清潔生產審核的工作內容、要求及其工作程序。
（2）預評估
       通過對企業全貌進行調查分析，分析和發現清潔生產的潛力和機會，從而確定審核的重點。
（3）評估
       通過審核重點的物料平衡，發現物料流失的環節，找出廢棄物產生的原因，查找物料儲運、生產運行、管理以及廢棄物排放等方面存在的問題,尋找與國內外先進水平的差距，為清潔生產提供依據。
（4）方案的產生和篩選
        通過方案的產生、篩選、研制，為下一階段的可行性分析提供足夠的中/高費清潔生產方案。
（5）可行性分析
        對篩選出來的中/高費清潔方案進行分析和評估，以選擇最佳的、可實施的清潔方案。
（6）方案的實施
       通過推薦方案（經分析的中/高費用最佳可行方案）實施，使企業實現技術進步，獲得顯著的經濟和環境效益；通過評估已實施的清潔生產方案成果，激勵企業推行清潔生產。
（7）持續清潔生產
       使清潔生產在企業中長期、持續的推行下去。